El origen de la Orden Carmelita en Aracena se asocia al convento masculino que se instaló en los aledaños de la actual Iglesia del Carmen, justo en el espacio que ahora ocupan la plaza de Abastos y el resto de la manzana. Cinco religiosos conformaron el primer convento masculino que acabaría desapareciendo.
El convento de Santa Catalina, asumió la Iglesia, junto a la que hay se asienta y que en el siglo XV pudo ser una sinagoga judía, el 21 de Febrero de 1536, en entrega expedida por el Cardenal Alonso Manrique. El Papa Pablo III, en una bula fechada en Roma el 8 de enero de 1543, aprueba y ratifica la unión de la Iglesia de Santa Catalina Mártir de la Villa de Aracena al convento de religiosas carmelitas del mismo nombre, anulando cualquier disposición anterior. El 23 de Enero del mismo año, una ejecutoria del Visitador General Carmelitano certifica la obligación de que sus religiosas cuiden de su aseo y conservación. Toda la zona conventual de Carmelitas femenina ocupó la manzana completa de la que ya se han ido separando parcelas para su uso particular como viviendas y locales comerciales.
En 1561, según consta en las Crónicas del notario Fernando Sánchez de Ortega, las religiosas de Santa Catalina realizaron las fiestas del Santísimo Sacramento por las calles de Aracena.
En 1573, la hermandad de San Antonio abad, asentada en esta iglesia de Santa Catalina, entabló pleitos de antigüedad con la Hermandad de la Vera Cruz de Aracena.
De 1627 y suscrito por el arzobispo diocesano Diego de Guzmán, consta la licencia al convento para sacar procesionalmente con cruz alta a la Virgen, aunque restringiendo la procesión a no más de 40 metros del entorno de la iglesia.
La Guerra de la independencia, en 1810 trajo nefastas consecuencias al convento y a la iglesia que fueron saqueados por las tropas francesas para expoliar todo el tesoro eclesiástico de Aracena.
La desamortización de Madoz, en 1855 supuso la pérdida de patrimonio conventual de unas tierras que poseía en término de Campofrío y que comprendía 38 fanegas de tierra.
En los primeros años del siglo XX, corrió a cuenta de los marqueses de Aracena (que aún no lo eran) el arreglo de la solería del templo y de la transformación de una de las capillas laterales. El 16 de julio de 1914 se procedió a la nueva bendición del templo.
La Guerra Civil española también supuso pérdidas patrimoniales de utensilios religiosos en esta Iglesia. Su portada de ladrillo rojo con la escalinata en curva supone uno de los elementos arquitectónicos más interesantes del patrimonio urbano de Aracena. Son destacables la belleza del claustro interior con el pozo y los contrafuertes que sujetan el muro de la iglesia por la calle que une las calles Julián Romero de la Osa y José Nogales. Y también la espadaña interior que soporta el campanario del convento. En el interior de la iglesia, los arcos ojivales se disponen en alineación contraria a lo que es habitual en otras iglesias, transversales al altar mayor de la misma.
Mario Rodríguez García